Schon im Herbst 1939 wurde der Kurbetrieb eingeschränkt. In den Kurheimen, Hotels und Pensionen brachte man Alte, Kranke und auch Schwangere unter, die aus dem Gebiet nahe der Grenze zu Belgien kamen. Die großen Kurhäuser sind von Lazaretteinheiten übernommen worden. Schließlich wurde am 1. August 1941 das gesamte Kurzentrum mit allen Gebäuden vom Reichsluftfahrtministerium beschlagnahmt.
Den bremische Flugzeugbaukonzern Focke-Wulf sah man aufgrund seiner Lage in Nordwestdeutschland besonders gefährdet, ein Umstand der sich bei vielen Bombenangriffen auf die Stadt Bremen bewahrheiten sollte. Verschiedene Teile des Werks sollten nun in ruhigere Gegenden verlegt werden. Den Serienbau siedelte man nach Ostdeutschland und Polen um, in Cottbus, Sorau, Marienburg und Posen waren die Produktionsstandorte.
Der besonders wichtige Bereich der Konzernführung mit der Entwicklung blieb jedoch im Nordwesten. In Bremen verblieb hauptsächlich die Kaufmännische Verwaltung. Auf verschiedenen Fliegerhorsten wurden Außenstellen eingerichtet. Der Musterbau zog nach Delmenhorst-Adelheide, in Detmold war die Zellenentwicklung und in Langenhagen fand die Flugerprobung statt.

Auf halber Strecke zwischen Detmold und Langenhagen befindet sich Bad Eilsen, somit günstig gelegen, um hier die Entwicklung unterzubringen. Der Chefentwickler Professor Dr. Kurt Tank zog mit der gesamten Technischen Direktion, rund 2.000 Mitarbeiter, nun in den Kurort um.
Für den Betrieb mußten diverse Veränderungen in den vorhandenen Kuranlagen umgesetzt werden. Zusätzlich entstanden etwa 20 große Holzbaracken im Kurpark und auf umliegenden Freiflächen. Für den Luftschutz baute man Splitterschutzgräben und Feuerlöschteiche.
Das Personal von Focke-Wulf bestand hauptsächlich aus Ingenieuren, Technikern, Zeichnern und Mathematikern sowie Sekretärinnen. Für diese Kräfte wurde Wohnraum in den Pensionen und Heimen des Kurortes angemietet.
Die Technische Direktion bestand aus zahlreichen Abteilungen, die wichtigsten davon in Bad Eilsen waren auf dem technischen Gebiet: Entwurfs-Abteilung, Konstruktions-Büro und Vorrichtungs-Konstruktions-Büro. Daneben gab es den Technischen Außendienst, dieser hielt alle Kontakte außerhalb des Konzerns. Er war Ansprechpartner für das Reichsluftfahrtministerium sowie für Zulieferer, z.B. Motorenhersteller. Für die administrativen Aufgaben waren die Hauptverwaltung sowie Zeichnungs-Verwaltung mit der Lichtpauserei zuständig. Schließlich gab es in einer Baracke im Kurpark sogar eine Lehrlingswerkstatt.
Neben dem deutschen Personal waren auch Kriegsgefangene oder Zwangsarbeiter aus der Sowjetunion für einfache Tätigkeiten eingesetzt. Auf einer Wiese, nördlich vom Ortskern abgesetzt gelegen, standen zwei Baracken in denen sie untergebracht waren.

Untertageverlagerung „Disthen“:
Noch vor dem I. Weltkrieg ist am Südrand des Dorfes Ahnsen mit dem Abbau von Steinkohle begonnen worden. Am Nordosthang des Berges Harrl befand sich ein Steinbruch. Von dort ausgehend ist ein Abbaustollen in den Berg getrieben worden. Er führte Richtung Süden und erreichte nach rund 200 m bereits wieder Tageslicht. Hier wurde unmittelbar neben dem Gleis der Bad Eilsener Kleinbahn ein weiteres Stollenmundloch befestigt. Der Kohleabbau ist schon 1925 wegen fehlender Nachfrage eingestellt worden.
Im III. Reich hat man vor und verstärkt während des II. Weltkrieges ungenutzte Bergstollen zur Auslagerung von Magazinen und Fertigungsbetrieben herangezogen. Hier war man vor der Bedrohung durch alliierte Bomberflotten weitgehend sicher.
Daher sollte nun auch der Harrlstollen in die Verlagerung von Focke-Wulf einbezogen werden. Am Nordrand von Bad Eilsen brachte man die Zeichnungs-Verwaltung unter. Nur ein kurzes Stück weiter lag das südliche Mundloch des Stollens. Dieses wurde nun mit einem massiven Vorbau abgesichert. Im Stollen kam auf lediglich 300 m² Nutzfläche die Lichtpauserei-Abteilung unter. Das Objekt erhielt die Tarnbezeichnung „Disthen“.

Windkanal Kirchhorsten:
Focke-Wulf hatte bereits 1931 im Stammwerk am Flughafen Bremen einen Windkanal in Betrieb genommen. Das Objekt war eine eher kompakte Holzkonstruktion, für die ein kleines Gebäude ausreichte. Aufgrund der steigenden Gefahr einer Zerstörung dieser empfindlichen Forschungseinrichtung durch Bombenangriffe, wurde im Herbst 1942 die Anlage verlegt. Als neuen Standort hatte man das Betriebsgelände des Schachtes Seggebruch in Kirchhorsten auserwählt. Der Ort liegt gut 7 km nordöstlich von Bad Eilsen. Somit waren recht kurze Wege zur Technischen Direktion gegeben. Auch das Versuchspreßwerk wurde in Kirchhorsten untergebracht. Heute liegt das Schachtgelände in der Gemeinde Helpsen.
Sehr wahrscheinlich sind beim Schacht Seggebruch nur die oberirdisch gelegenen Gebäude von Focke-Wulf genutzt worden. Eine Untertageverlagerung ist für diesen Standort nicht dokumentiert.

Auch im weiteren Umfeld vom Bad Eilsen sind weitere Einrichtungen von Focke-Wulf angesiedelt worden, oder man hatte zumindest mit den Planungen dafür begonnen. Keine 5 km südwestlich sollte eine unterirdische Produktionsstätte entstehen. Im Eisenbergwerk Wohlverwahrt bei Kleinenbremen befand sich die Untertageverlagerung „Elritze“ in den Abschnitten I - IV im Bau. Darin hatte man die Fertigung von Flugzeugzellen und -teilen für den Jäger Focke-Wulf FW 190 vorgesehen. Die Anlage ist bis zum Ende des II. Weltkrieges jedoch nicht mehr in Betrieb gegangen.

Während der Nutzungszeit von Bad Eilsen gab es nur vereinzelte Bombenangriffe auf den Ort. Somit ging die Rechnung auf, die Technische Direktion von Focke-Wulf war hier recht geschützt untergebracht.
Bad Eilsen wurde am 8. April 1945 von Verbänden der 84th Infantry Division der US Army eingenommen. Der II. Weltkrieg endete damit für den alten Kurort, nicht jedoch die Zweckentfremdung der Anlagen.

 Ab 1945: 
Die Alliierten waren natürlich sehr an deutscher Technologie interessiert. So widmeten sie dementsprechend viel Aufmerksamkeit den Wissenschaftlern von Focke-Wulf und deren Einrichtungen in Bad Eilsen. Vom 14. bis 28. April 1945 wurde vom Combined Intelligence Objectives Sub-Committee (CIOS) eine gründliche Bestandsaufnahme der Technischen Direktion durchgeführt. Daran schloß sich bis 10. Juni eine Sichtung der neuartigen Lichtpaus-Verfahren in der Zeichnungs-Verwaltung an. Das Komitee bestand aus Briten und US-Amerikanern.
Das Schlüsselpersonal von Focke-Wulf wurde weitgehend vollzählig in Bad Eilsen angetroffen. Auch die Dokumentationen waren vollständig erhalten. Die Deutschen hatten versucht, die Dokumente vor einem Zugriff zu schützen, indem sie diese im Badehotel einmauerten. Sie gaben auf Druck des CIOS jedoch schnell den Widerstand auf und legten alles frei. So fiel den Alliierten in Bad Eilsen die umfangreichste und vollständigste Sammlung technischer Dokumentationen der Luftfahrtindustrie überhaupt in die Hände.
Das Personal von Focke-Wulf wurde nach den Inspektionen nicht mehr in Bad Eilsen benötigt. Know-how-Träger, wie Professor Tank, brachten die Briten bald nach Großbritannien, um dort weiter auf ihr Wissen zuzugreifen. Die übrigen Kräfte verließen größtenteils den Ort.

Bad Eilsen konnte nun aber nicht versuchen, an alten Zeiten als Kurort anzuknüpfen. Die Royal Air Force hatte im Ort nach der Besetzung zunächst die „2nd Tactical Air Force (TAF) Front“ stationiert, der Teil „2nd TAF Rear“ lag zur gleichen Zeit in Bückeburg. Am 15. Juli 1945 wurden beide Teile in Bad Eilsen zur „British Air Force of Occupation“ (BAFO) vereinigt. Mit der Zusammenlegung entstand erheblich größerer Platzbedarf. Daher beschlagnahmte man weite Teile des Ortes, in weitaus größerem Umfang als es vorher das Reichsluftfahrtministerium getan hatte.
70 bis 80 Prozent des gesamten in Bad Eilsen vorhandenen Wohnraums wurde von den Briten belegt. Die Soldaten holten nun auch ihre Familien hier her. In den Funktionsgebäuden hat man Umbauten für die neuen Anforderungen durchgeführt. Dadurch wurde die alte Substanz für den Kurbetrieb überwiegend endgültig unbrauchbar gemacht.
Der Stab nutzte fortan das Badehotel als Dienstsitz - wie es zuvor schon Focke-Wulf getan hatte. Im alten Kurmittelhaus brachte man die Zentrale zur Überwachung des Luftverkehrs im norddeutschen Luftraum unter. Der Fürstenhof diente den höheren Offizieren als Wohnheim und Kasino. Im Kurpark ist eine große Fläche als Exerzierplatz zementiert worden.
Was ist ein Luftwaffen-Hauptquartier ohne Flugplatz? In unmittelbarer Nähe war aber kein Fliegerhorst der deutschen Luftwaffe angesiedelt. So wurde auf einem bereits von den Deutschen als Flugfeld vermessenen Gelände bei Achum, 4 km nördlich gelegen, ein neuer Flugplatz angelegt. 1946 konnte dort der Flugbetrieb aufgenommen werden.

Parallelen gab es zum 20 km westlich liegenden Kurort Bad Oeynhausen. Auch dieser wurde vom Militär beschlagnahmt. Dort siedelte sich das Hauptquartier der British Army unter Feldmarschall Montgomery an. Als Wohnsitz für Montgomery ist das Gut Rickbruch im Extertal beschlagnahmt worden, rund 14 km südlich von Bad Eilsen gelegen.

Ab Juni 1945 war Sir Sholto Douglas der Oberkommandierende der Royal Air Force in Deutschland. Er wurde im Januar 1946 zum Nachfolger von Montgomery ernannt und war fortan der Vertreter der britischen Regierung im Alliierten Kontrollrat. Er übernahm auch den Wohnsitz Gut Ricklingen. Täglich pendelte er mit einer Eskorte zwischen dem Gut und Bad Eilsen.
Seine Aufgabe war zum einen die Ahndung von Verbrechen der Nationalsozialisten; er unterschrieb auch das Todesurteil für Hermann Göring. Zum anderen mußte er mit den Deutschen das politische und wirtschaftliche Leben in der Britischen Besatzungszone neu aufbauen. Am 23. November 1946 segnete er die Gründung des neuen Bundeslandes Niedersachsen ab.

Die Royal Air Force in Bad Eilsen erfuhr in den folgenden Jahren einige Veränderungen. Sie hatte ca. 1949 einen Kasernenkomplex errichtet. Dadurch konnten Zivilwohnungen freigegeben werden. Ab 1951 wurde in kleinen Schritten das Leben im Ort weiter zivilisiert. Nach langwierigem Drängen von Seiten des Bückeburger Fürstenhauses und ortsansässiger Honoratioren ist ab 17. März des Jahres das Erdgeschoß des Kurmittelhauses zur Abgabe von Bädern freigegeben worden. Im Sommer konnten erste Kuren durchgeführt werden.
Im September 1951 wurde die BAFO wieder in 2nd TAF umbenannt. Bereits im nächsten Jahr wechselte die Bezeichnung in 2nd Allied Tactical Air Force (ATAF). Inzwischen hatte sich der Ost-West-Konflikt verhärtet, die NATO ist 1949 gegründet worden. Das Militär mußte sich nun auf eine dauerhafte Präsenz in Deutschland einstellen.
Die Lage der Hauptquartiere in Bad Eilsen und Bad Oeynhausen war mit nur gut 100 km Abstand zur innerdeutschen Grenze recht ungünstig. So erfolgte 1954 die Verlegung der beiden Stäbe in den Mönchengladbacher Stadtteil Rheindahlen. Die 2nd ATAF wurde ein NATO-Stab mit unterstellten Luftwaffenverbänden aus Großbritannien, Niederlande, Belgien und ab 1956 auch der Bundesrepublik. Der britische Anteil bildete ab 1.1.1959 zusätzlich das Kommando Royal Air Force Germany (RAFG).

Nach dem endgültigen Abzug der letzten britischen Soldaten im Jahr 1955 konnte endlich der Wiederaufbau der alten Kureinrichtungen vorangetrieben werden. Der damalige Eigentümer, Fürst Wolrad zu Schaumburg-Lippe, vermochte den Aufbau jedoch nicht allein zu bewältigen. So kaufte die Landesversicherungsanstalt Hannover das Bad, es läuft nun unter der Bezeichnung Rehazentrum Eilsen.

Es gab jedoch auch nach Abzug der Briten noch für einige Zeit eine kleinere militärische Nutzung. Die Kaserne übernahm die gerade aufgestellte Bundeswehr. Zunächst wurde dort am 3. September 1956 das Sanitätsbataillon 3 der 3. Panzerdivision aufgestellt. Doch bereits am 1. Mai des Folgejahres ist der Verband als SanBtl 1 der damaligen 1. Grenadierdivision unterstellt worden. Von dieser Division wurde in Bad Eilsen auch die Quartiermeisterkompanie 1 aufgestellt. Diese Truppen der ersten Stunde verließen jedoch bald wieder den Ort. Ein anderes Sanitätsbataillon verblieb bis 1970 hier. Danach war die militärische Geschichte von Bad Eilsen endgültig beendet.

In der Notzeit nach Ende des II. Weltkrieges wurde an diversen Stellen der Bergbau wieder aufgenommen, um Kohle zu fördern. Auch der Harrl-Stollen wurde auf seine Eignung dafür inspiziert. 1947 wurde berichtet, daß die Anlage durch Wasserzufluß nicht mehr nutzbar ist. So folgte für die ehemalige Anlage „Disthen“ keine Bergbau-Nutzung mehr. Irgendwann wurde der Stollen als Fledermaus-Quartier hergerichtet. Das Mundloch ist verschlossen worden, nur eine kleine Öffnung ermöglicht das Einfliegen.

 Zustand: 
Im Umfeld des Kurparks stehen mehrere Bauten, die sowohl von Focke-Wulf, als auch später von der Royal Air Force benutzt worden sind. Die provisorischen Baracken sind sämtlich verschwunden. Im Bereich der Zeichnungs-Verwaltung sind einige Reste zu finden. Von der nach dem Krieg errichteten Kaserne sind nur noch drei Gebäude erhalten.

 Zugang: 
Die meisten hier vorgestellten Bereiche sind frei zugänglich, Privatgrundstücke natürlich ausgenommen. Die U-Verlagerung „Disthen“ kann nicht betreten werden.

 Hinweis: 
Diese Website zeigt einige Konstruktionen von Focke-Wulf, die überwiegend in Bad Eilsen entwickelt worden sind:
http://www.luft46.com/fw/fw.html